纳西族普遍信奉“东巴教”，一部分人信仰喇嘛教。
“东巴”是纳西语，意为“智者”，也就巫师和祭司。东巴文化与东巴教密不可分。东巴教是唐初纳西族在原有巫教的基础上，吸收了藏族本教文化而形成的。东巴多才多艺，集写、画、唱、舞于一身，因而他们成为纳西族古老东巴文化的创造者、传播者和继承者。
纳西族普遍信奉东巴教(永宁又称“达巴”)，是一种受藏族铭教(黑教)影响的原始巫教，崇奉多神，山水风火等自然现象均视为神灵，非病死者及冤家仇人则视为恶鬼，凡遇疾病、婚丧、节日等都要请东巴念经。东巴没有寺庙，一股都是不脱产的农民。纳西族地区又是佛教(禅宗)和喇嘛教(密宗)交汇的地方，红教喇嘛寺从藏区往南传到丽江为止，掸宗和尚庙由内地往北传也到丽江为止，所以纳西族也信佛教和喇嘛教，还有信道教的，形成了信仰多种宗教的民族。
东巴教是纳西族全民信奉的古老宗教，源于原始宗教，以祖先崇拜、鬼神崇拜、自然崇拜为基本内容，祭天、丧葬仪式、驱鬼、禳灾和卜卦等活动为其主要表现形式。
东巴教有特殊的法器和服饰，法事亦十分繁杂，全年几乎每月都有大小不等的法事活动，主要分祭祀、丧葬、禳灾、卜卦、赐名五大类，其中祭天最为隆重。
