佛教传入新疆的时间，一般认为是公元1世纪前后。而传入哈密地区，则相对稍晚一些。但因哈密是佛教传入中原地区的重要通道，所以佛教非常隆盛，佛寺建筑林立，香火青烟不断，晨钟暮鼓声震大漠，高僧接踵而来。特别是哈密白杨河一线的佛教寺院群落，虽然历经沧桑，至今仍呈现出当年宏大的规模，让人联想佛教兴旺时期的繁华景象。
自佛教传入哈密以后，当地的突厥、回鹘（畏兀尔）、蒙古及汉族，都是佛陀的虔诚信徒。白杨河最大的佛寺建筑（今称台藏）就是高昌回鹘王国时期，由居住哈密的回鹘信徒所建。高昌回鹘王国将佛教尊为国教，上自宫廷下至百姓，举国奉佛。哈密是回鹘王国属地，受佛教浸染，概莫能外。
唐太宗贞观三年，唐僧玄奘赴印度取经途经伊吾时，曾投宿一寺，“寺有汉僧三人，中有一老者，衣不及带，跣足出迎，泡法师哭……”“自外胡僧、胡王悉来参谒。”这些史料说明，当时哈密的佛寺内，不仅有内地来的汉僧，而且也有当地僧侣。伊吾“胡王”也来参谒唐玄奘，就证实了当时在包括伊吾在内的高昌回鹘王国领域中，佛教的确是举国上下一致信奉的宗教。
13世纪下半叶，意大利旅行家路过哈密时，见到“居民皆是偶像教徒，自有其语言。”当地民族均是佛教信徒。元朝时期，哈密畏兀儿佛教徒中涌现出像必兰纳失里这样著名的佛教职翻译家，他曾奉旨代替元成宗在广寒殿受戒出家，足见其佛教经典修养之高超。
15世纪中，伊斯兰教虽然传入哈密，但哈密的佛教势力仍很强盛，佛教徒数量众多，明廷于是设立佛教管理机构“僧纲司”，管理哈密卫的佛教事务。明朝还分别任命僧速都拉失和僧太仓先后出任哈密卫“僧纲司”都纲，曾授给“敕命及印”。
这一时期已有哈密畏兀尔人改奉伊斯兰教，如忠顺王哈力苏丹在1439年就已信仰伊斯兰教，但其弟继位后却不称“苏丹”，“又建佛寺”，说明哈力苏丹之信奉伊斯兰教仅为个人之事，其家族中其它人仍信佛未改。其后至15世纪末叶，明廷封授的哈密忠顺王罕慎（畏兀尔人）以及蒙古族的忠顺王陕巴，都是佛教徒。
16世纪初，哈密几乎全盘实现伊斯兰教化，佛教随之退出这一地区。
清朝统一新疆后，佛教又众内地卷土重来，清政府适应佛教徒需要，在哈密和巴里坤广建佛寺。一些高僧法师在各佛寺、会馆驻持，哈密还成立了佛教会，管理佛教事务。清末民初哈密佛教虽然又一度兴盛，但已是强弩之末，接近尾声了。
1949年以后，哈密和巴里坤佛寺的和尚相继去世，佛教会自动解散，佛教寺院陆续被毁，佛教活动终止。
