瑶族信仰道教，崇拜多神。包括自然神崇拜、英雄神崇拜、祖先崇拜等。
瑶族的自然神崇拜源于瑶族先民认为山水万物都由神灵主宰的观念，从而产生对山、水、天、地等的崇拜并认为这些自然诸神对人们的生、老、病、死以及人间祸福、兴败等均因它们是否保佑的结果，故对自然诸神顶礼膜拜。
英雄崇拜有：
1.对“密洛陀”的崇拜。主要流行于布努瑶地区。是对创造世界万物的女英雄“密洛陀”的崇拜。每年农历五月廿九日，都要举行祭祀活动。
2.对“盘古王”的崇拜。主要盛行于广东连南八排瑶地区。该地瑶族认为“盘古王”是开天辟地的英雄，每隔三至五年举行一次全部落性的“游神”大典，俗称“耍歌堂”，一般要进行三天。
3.对盘瓠的崇拜。主要流行于勉瑶和金门瑶地区。他们认为盘瓠既是一个战争英雄神，也是一个人丁安宁、五谷丰登、六畜兴旺的保护神。每三年举行一次对盘瓠神的祭祀活动，称为“还盘王愿”的仪式。每次要举行三天三夜。
祖先崇拜源于先民灵魂不灭的观念，认为人死后还有灵魂，死者在阴间仍过着和阳间人一样的生活，并且还能给子孙带来吉凶和祸福。因此，人们就在堂屋里设有神龛，对祖先进行祭祀，以求保佑。
瑶族民间还流行男到15—16岁要举行具有宗教色彩的成丁仪式，俗称“度戒”。度戒仪式一般有上刀梯、跳云台（参加度戒者从2米高的“云台”上跳下来）过火砖、下油锅、含犁头。另外，金门瑶“度戒”时要宣讲十条戒律，让受戒者严格遵守。“度戒”中的一些具有迷信色彩的仪式，已经被瑶族废除，但“度戒”中对培养瑶族新一代品德有意义的活动仍被保留下来。
大约在宋元时期，道教、佛教相继传入瑶区，并与瑶族社会原有的原始宗教相融合。尤其是道教对瑶族影响甚深。现在瑶族在丧葬中的一套祭祀仪式，基本上都是按道教仪式进行的。鸦片战争以后，西方传教士曾在瑶族地区建有教堂，也有部分人信仰天主教。
