维吾尔族先民信仰过萨满教、摩尼教、景教、袄教和佛教，10世纪以后改信伊斯兰教。北宋乾德三年，中亚地区伊斯兰教的萨曼尼王朝，把伊斯兰教传入新疆的喀喇汗国，后分两路向内地传播。南路沿大隔壁入叶尔羌并继续向东伸展。北路由喀什传播到阿克苏和库车等地。到16世纪，遍布新疆南北各地。也就是说，至迟到16世纪，散居在博尔塔拉的维吾尔族已信仰伊斯兰教。穆斯林每日做礼拜，每周星期五举行一次聚礼，每年开斋节和古尔邦节举行会礼。礼拜前必须按规定小净或大净。
伊斯兰教中主持教务、讲授经典的谓之阿訇。凡生老病死、婚丧嫁娶，均请阿訇颂经，消灾去邪，赐祥祝福。
