祖灵祭在原住民各地区都有，原住民对祖灵的信仰，只是泛灵崇拜的一种表现，而未达到人格化的个别祖先的灵魂观念。祖灵是泰雅族一切祭仪的主要对象，有时甚至把猎首携归的敌人的灵魂也包含在内。中部的阿里山曹族则几乎没有祖灵观念，仅在其年终祭仪中举行道路祭。赛夏、布农、阿美诸族的农神与祖灵观念相混淆。排湾、鲁凯与卑南族祖灵祭之观念比较明确，有祖先之灵屋为祭所。祭祀时有招魂、送灵等仪式。
祖灵祭常在收获祭后举行，或与收获祭合并举行，目的在祈求丰收、子孙繁盛与健康平安，也带有报谢及以新谷供献祖先之意。祭仪各地略有不同。祖灵祭的执行团体有三种：第一种是纯亲族团体的氏族，如阿美族的“拉鲁马安”；第二种是亲族团体兼地域团体的祭团，如赛夏族的“加西雅朗”；第三种是亲族，如泰雅族以“格格”为祖灵祭之单位。祖灵祭通常在每月或播种祭、收获祭时定期举行，临时事故发生时也用酒肉祭祀祖灵以为祈禳。各社祖灵祭的祭仪常稍有出入，例如大科嵌族群各家于祭日的清晨捣粟捏成饭团，各家长持饭团到司祭家，用一种松叶和麻丝包扎，司祭家预先备有树架或新竹，以饭团缚于其上；接着由主祭领先，各家长持饭团随之，走到山中大树下，大家再把饭团绑在大树枝上，由司祭高呼诸族名字，唱祝词；祭毕一起归社，开始宴欢。赛夏族的祖灵祭则以地区祭团为单位，族人各家长集合在司祭家中，司祭家梁上悬有一个“神物袋”为祖灵的神位。祭日当天大家各持一把糯粟到司祭家合捣成糕，主祭则蒸米为饭以祭祖灵，唱祝词祈求佑护，祭毕，各家分糕共享，是日各家开始宴饮。
又如排湾族的“五年祭”是一种复杂的祖灵祭，由各贵族家联合举行。传统祀把祖祭仪有一、二、三、五、六年之分，一年祭为小家祭五年祭为大祭，后合并为五年祭，每五年举行一次。通常在小米或山芋收成后举行。祭前，祭司卜日遣人上山采竹和藤蔓，制作藤球和刺球的竹竿，酿酒、制糕、杀猪，整治场地。家族主妇设祭，请暴卒横死的孤魂野鬼到插着绿竹的石凳纳凉小憩，勿再惊扰祖灵莅临，尔后，到房前屋后、墓地等处设祭祀奉祖灵，并与祖灵观赏规模空前的刺藤球仪式。五年祭的第六日有两项活动，就是刺球赛和舞会，刺球赛由为首者抛藤掷于空中，青年们各执一竹枪向之刺去，以刺中次数最多者为优胜。舞会则是全村青年参加，由本村最大头人邀请全村青年饭宴跳舞，这两项活动也是成年仪礼的最后节目。仪礼中青年们在自己家门口和身上带茅草结，以示驱除恶灵。仪式始终充满娱神悦祖、祈神攘福的吉庆气氛。最后，祭司率领部落成员上山围猎，祭祀遂告圆满。
