医疗学即本教恰辛派“养生医方”之说。《善缘项饰》说:“杰普赤席王子即辛饶由身化现之第二子,系挥萨杰美夫人于赤门杰席所生,受教于其父并发大心,掌握医疗术等苯教诸法,贯通二万一千《疗续》大典,成就医药本师不二者,审编《疗方三十万》等。”由此可知杰普赤席著述医典宏扬医方明之大概。其中贯通二万一千《疗续》之意在《无垢光辉经》中说:“审定《疗方五部大续》,《九部大经》,《八支秘诀》,《小支二万一千》等,传交杰普赤席王子及八大仙人掌管”。虽曾产生过如此众多而深广的医典,但实际保存至今的只有《苯教甘珠尔》中的《甘露宝藏四本目》,即普措赛白杰波的伏藏《根本医典蓝本目》、《养生药典白本目》、《疗方花本目》、《治病黑本目》。此四本目乃《九部大经》中的《四个本目》。著名的藏医《四部医典》(或《四续》亦根源于《疗方五部大续》。由大译师毗卢遮那译自苯教之医典。据尼玛丹增所撰《甘珠尔编目序言》,《四部医典》中祈请仙人之名及医疗咒语均原封不动地保持了象雄语,充分说明了其源自苯教医典。此外,由三个印度瑜伽咒士从桑耶寺找到的伏藏本,亦应是杰普赤席所说之《医药经》及《七章本疏》等无疑。后期在藏流传的医疗学源自古象雄文化之一明证是:敦煌古藏文文献中,关于药方有两卷,火灸方两卷,共四卷,其中一火灸方卷后记中说:“此卷在库中亦无,乃从所有疗方中搜集,并与象雄之根本疗方相配而成。”
医学在分析判断某一病症在病理上的远近诸种病因时,离不开卜算占卦,因此,在以五明之学分类时,这种卜算占卦之术便收类于医方明之中。辛饶弥沃奇在为恰辛祖飞列加等人开示恰辛苯教之法时,亦将“度”(禳解)、疗方、“求提”、占卜、圆光、占音、算学、医药学合融在一起,也鉴于此理。
藏医最基本的典籍是《医学四续》,即《本续》,《释续》,《诀窍续》和《后续》。《贤者喜宴》载:“集一切秘诀之精华的《医学四续》系由玉妥贡布所著,玉妥贡布乃真正的应化身,汇集了藏地所有医典诀窍之传承,六度赴印”,又载“赤列法王云:(玉妥贡布)乃真正之殊胜化身。他住地之东面山上长满各类药草如香山,南面山上长满热性药草,北面雪山上生长凉性药草,西面有森林,尤如奇妙医药城(药师佛净土),他的心性法界为药师佛,以各种思维为四部眷属,著念为益列吉仙,本明之性为本明智慧仙而开示四续”。又载“有的认为是药师佛所说,有的认为如同化身毗卢遮那开示瑜伽密续,于须弥山之颠一样,乃为释迦佛祖之化身示教,也有认为是伏藏,有的认为原有一小《本续》而由玉妥贡布作广本,如此等等,不一而足。但以果证而论,此著者应为化身佛,而以切脉、视尿诊断者,未见于其它医方,乃世界医学之殊胜者,尤其切合藏地之地理气候,惠泽无量,是故顶礼如佛。”《知识总汇》载:“关于《四续》,有认为是佛说与论典之任一者,有认为佛说与论典兼而有之者,即使认为是论典者,亦有众多不同说法,但旦白宁奇法王师徒等认为:外为佛说,内为伏藏,秘为玉妥巴之作为佳。”《善说宝串》中说:适宜藏地地理气候之《四续》,即由此化身佛所撰,如同玉妥巴在其《宁提》中所说,然而大多认为是佛说,由扎巴恩息坚掘藏而得。宁玛巴之《十万密续》中亦持此论。