1、第一类限制性内切酶能识别专一的核苷酸顺序,并在识别点附近的一些核苷酸上切割DNA分子中的双链,但是切割的核苷酸顺序没有专一性,是随机的;
2、第二类限制性内切酶能识别专一的核苷酸顺序,并在该顺序内的固定位置上切割双链,这类限制性内切酶的识别和切割的核苷酸都是专一的,这种酶的切割可以有两种方式,一是交错切割,形成两条单链末端,这种末端的核苷酸顺序是互补的,可形成氢键,称为粘性末端,另一种是在同一位置上切割双链,产生平头末端;
3、第三类限制性内切酶也有专一的识别顺序,但不是对称的回文顺序,它在识别顺序旁边几个核苷酸对的固定位置上切割双链,但这几个核苷酸对则是任意的,因此,这种限制性内切酶切割后产生的一定长度DNA片段,具有各种单链末端。