边境牧羊犬常见的毛色有黑白两色、蓝白两色和棕白两色，此外还有以黑、蓝、棕为主色的三色毛，以及蓝陨色和红陨色等。大部分人认为边牧只有黑白两色，只是因为这种颜色最常见。
边境牧羊犬毛色变化可能由于：
边境牧羊犬有多种颜色，它的基因不稳定，有的甚至小时候是黑白色，长大就变成别的颜色了。饮食出现问题，摄入的食物含盐量过高。缺乏矿物质维生素的补充也会导致边境牧羊犬毛色褪色。
