蓝藻不是真核生物，蓝藻是原核生物。蓝藻又叫蓝绿藻，蓝细菌，大多数蓝藻的细胞壁外面有胶质衣，又叫粘藻。在藻类生物中，蓝藻是最简单、最原始的单细胞生物，所有的蓝藻都是单细胞生物，如念珠藻。它们没有细胞核，细胞中央有核物质，通常呈颗粒状或网状，色素均匀的分布在细胞质中。核物质没有核膜和核仁，具有核的功能，故称为原核（或拟核）。蓝藻中有环状DNA质粒，担当运载体的作用。
