1、化学消毒法。在鹌鹑养殖场使用化学药剂进行消毒时，要遵循三先三后的原则，先消毒运送饲料道路，后消毒清粪车行使道路；先消毒青年鹌鹑舍，后消毒产蛋鹌鹑舍；先消毒种舍，后消毒商品舍。另外在考虑消毒药剂成本的同时，也要使用适合养殖场的消毒药物，要交替使用，这样既起到了消毒效果，也降低了消毒成本，而能避免产生抗药性，延长一种消毒药的使用时间。在消毒前先要清扫冲洗，以防有机物存在，然后再进行药液消毒。
2、物理消毒。物理消毒主要通过紫外线和通风两种，这样杀死和减少空气中的病原微生物数量，以达到消毒的目的，降低发病率。
3、生物消毒法。这是利用嗜热微生物生长繁殖过程中产生的高热来杀灭或清除病原微生物的消毒方法，将鹌鹑的粪便进行堆积，使得其中的温度高达70度注意，这样杀死粪便中病毒、细菌和寄生虫卵等。
