氯既然能杀菌，自然会有一定的毒性。如果吞下少量含氯漂白剂，会刺激食道、口腔、喉咙以及导致呕吐。不过，自来水中的余氯远远达不到那个剂量。
目前，国际癌症研究中心在“致癌分类”中，把氯归入“第三类”，跟咖啡因同级，意为“目前尚无足够资料来确定该物质是否为人类致癌物”。
据资料显示，直接用氯处理的水进行的动物实验和人体实验，都显示了很高的安全性。世界卫生组织的自来水余氯标准是根据动物实验来制定的。
只要没有闻到或者尝出自来水中的氯味，就不用担心其中的余氯。就算其中有一点余氯，在蒸煮东西时，也会主要分解成氯离子、氯酸根和氧气。前两者不会蒸发，后者不会影响健康。
