每一条多肽链都有其完整的三级结构，称为亚基。亚基之间呈特定的三维空间排布，并以非共价键相连接。
蛋白质的三级结构是指球状蛋白质的多肽链在二级结构的基础上相互配置而形成的特定构想。
亚基是蛋白质的一种三级结构。蛋白质的三级结构就是蛋白质的空间结构（所有原子的空间坐标组成）。一个多聚体蛋白质是由多个亚基组成的。
