模式不同：旗舰店主要是代理商建店，一般由产品的地区代理建立，如众多的服装品牌旗舰店，而官方店是这个品牌自己开的店，以拥有注册商标的企业和个人，以其身份自营或授权的网店。一般以注册商标的品牌直接命名。
规模不同：旗舰店是要授权的，和专卖店相比，店的规模比较大比较全，是公司的形象。
销售方式不同：官方网店只能在网上商城开设，而旗舰店则是线上线下都可以开设。
旗舰店可以细分3种不同的类型：1、店铺由品牌官方自己运营，供货、直接管理的旗舰店铺，如Adidas官方旗舰店
2、另外一种并不算官方自营的，如亚瑟士的旗舰店，其实是品牌是指定给其他公司运营的，现在天猫就有很多店铺是通过该种方式经营的，也比较常见。可以看到是XX品牌旗舰店，但未带官方字样。
3、还有一种旗舰店，叫做海外旗舰店，比如SKECHERS。注册地在海外的公司，需要有自己的注册信息，名字也不是随便可以叫的，要有授权认证。我们看不到工商执照，入驻天猫时也都需要提供营业执照、授权书，对应批次的采购凭证等。
