因为琴是被狼叔刺死的,而不是被x教授杀死的。这和谁的能力大小无关,当时凤凰女处于失控状态,如果不阻止她的话所有人都会死亡。因此金刚狼为了拯救众人,不得已将凤凰女杀掉,此时的凤凰女是有意识控制自己不要反抗的,所以才会被金刚狼阻止。