1、目的不同：军事院校指挥类专业主要是为军队培养基层指挥军官，学员毕业后，绝大多数都是分配到各战区、各军种部队的基层单位担任排长、连长、指导员、参谋等职授予中尉军衔。
军事院校非指挥类专业也称为技术专业，主要为军队培养初级专业技术人员，比如军医、军械、通信等专业，这些学员毕业后，基本上分配到科研单位、军队事院校、技术保障部门，身份为专业技术军官，也是授予中尉军衔。
2、要求不同：指挥类专业对学员在身体素质、个人气质、文化基础、政治素养方面都有较高的要求。这些初级军官不仅要了解基本武器和装备的使用，还有了解怎么带兵，怎么管理，怎么组织和指挥。所以军队指挥专业要求这些学员要有强健的体魄，良好的耐心，较强的责任心，和优秀的指挥才能；非指挥类专业对学员的文化基础要求都比较高，要具有扎实的知识基础，和较强的科研能力。
3、升迁（前途）不同：指挥军官初期晋升较快，但晋升的空间有限，而且很难在部队长久发展。而专业技术人员初期晋升较慢，但晋升的空间较大，而且相对在部队发展的时间较长。
