犬冠状病毒的临床症状和犬细小病毒类似，但是该病毒的毒力与细小病毒相差很多，临床症状也比较温和，通常可在七到十天内康复，通常治疗七日后，如果狗狗的状态良好，那么可判定为脱离危险。犬冠状病毒早期病例可见小肠局部发炎、鼓气，后期病例可出现整个小肠炎性坏死。临床上通常突然出现腹泻，有时在腹泻前出现呕吐，粪便为橘黄色，有时出现血便，丧失食欲，同时狗狗还会出现精神沉郁、嗜睡等常见症状。犬冠状病毒感染引起的肠炎很难和其它传染性肠炎区分，一般可根据临床症状以及试纸板检测确诊，但是试纸板检测的阳性结果可能会有偏差，比较准确的检测方法建议进行PCR检测。
