1、化学成分不同。黄宝石是一种复杂的硅酸盐，它的主要化学成份是二氧化硅，再有一定的自然条件下，当二氧化硅结晶完美时就是黄水晶了。由于黄宝石的化学成分比较复杂，所以现在还不能通过人工合成得到黄宝石，而合成的黄水晶则遍布很多市场，所以可见黄宝石和黄水晶的化学成分是不同的。
2、比重。黄晶比重轻，为2.6，而黄宝石则比重大，为3.95，二者之间的比重差别用手即可轻易的分辨出来，黄宝石压手，黄品感觉轻飘。
3、硬度。二者之间的硬度差别很大，黄宝石为9，而黄晶为7，在擦痕，牛毛纹的表现上可以有明显差别。
4、光性。黄宝石具有刚玉类宝石的一种光性特点，即宝光勒光之类。在一定的角度下，微微转动宝石，就可以感觉到这一光性特点的存在，而黄晶只不过晶莹而已。
