1、现蕾期管理。现蕾期是金针菇出菇后第一个阶段，这时菌丝已经生长完毕，子实体慢慢长出，这之前的管理偏向于菌丝生长，所以光照和通风都不是很强，湿度也不是很高，对菌丝生长发育是极为不利的。所以在蕾期应该定时打开透气孔，进行一定程度的通风，增加菇房内的氧气浓度，有利于菌体生长。同时也要增加菇房内的光照，这时因为菌体和菌丝是安全不一样的，菌丝可以完全无光，而菌体生长需要微弱的散射光。除了光照和通风外，对湿度也需要一点的调整，这时湿度应该控制在90%以上，这样有利于菌体生长发育。
2、驯养期管理。在现蕾后很快就会进入驯养期，这时菌体大多生长到1厘米左右，这时需要对菇房湿度进一步的调整，要控制湿度在75%左右，否则会抑制子实体的生长，造成其生长不齐。而为了对子实体进行驯养，首先要将温度提高5度注意，等到驯养结束，也就是子实体适应后，再将温度提升10度，这样能加快菌体快速生长，而且生长的也会比价整齐。
3、伸长期管理。过了驯养期后就进入到出菇的最后一个阶段，也就是伸长期了，这时的管理对出菇是否整齐有极大的影响，。这时子实体生长到2-3厘米左右，而且进入到生长旺盛期，为了要菌体生长的更快，可以将菌袋完全打开，以便更多的氧气进入，促进菌体伸长，让其生长的更加整齐。这时的温度要控制在10度左右，湿度控制85%-90%左右，如果湿度上不去，可以通过喷洒水的发生增加，喷水量要根据菌体生长速度而定，一般中期生长较快，喷水量应该多些。为了菌体生长更快，需要对其进行弱光照射，这样能诱导菌体拉伸，使得菌柄变得更长。
