一、水的变化（决定了种子的总质量变化）
种子萌发过程中，水分的变化应该是逐渐上升的，在胚根长出之前，种子的吸水方式是吸涨作用，之后是通过渗透作用吸水。
二、有机物的变化
有机物的种类增加，因为细胞呼吸会产生许多中间产物。
有机物的质量来看，一般情况下，有机物的变化应该是先减少后增大，真叶长出之前由于呼吸作用要消耗大量有机物，而此时无法进行光合作用，所以只有有机物的消耗；在萌发长出真叶之后，由于可以利用叶绿体进行光合作用制造有机物，光合作用逐渐大于细胞呼吸，因此有机物的量会逐渐上升。
三、细胞呼吸的变化
胚根尚未突破种皮，需氧呼吸受到影响，胚根突破种皮，需氧呼吸加强。
四、光合作用的变化
种子萌发过程中出土，双子叶种子的子叶见光变绿就可以进行光合作用，但光合作用真正开始应该算幼苗时期。
