禁忌是带有宗教意义的禁规。它是人们慑于大自然的威力而采取的避祸远害的消极手段。高山族有许多关于狩猎、农耕、祭祀及其他方面的禁忌，其目的在于：通过强制性的恪守这些禁规，避免不可觉察的危险，特别是死亡的发生，以维护生产、祭祀的正常活动以及社会伦理道德，不受影响和干扰。禁忌一旦被触犯，大家预感到可能蒙受某种祸害而惶惶不安，当即中止正在进行一切活动，采取祈祷、咒语、喷酒、祭献等祓禳方式，解除可能存在的危险；犯禁的人，轻则受罚，承担祓禳飨宴的一切费用，重则处死赎罪。
在高山族多如牛毛的禁忌中，有些是共同的，各部落在任何情况下都要严守。具有普遍意义的禁忌，属于视觉的，如禁忌遇见横死者及其葬地、遇见动物交尾等；属于触觉的，如禁忌接触神物、接触死者的器物等；属于行为的，如禁忌排气、打喷嚏、同族性交等。特殊禁忌，如：女人不能接触男人使用的猎具与武器，诸如弓、箭、枪、矛等，不得擅自进入男性会所和祭祀场地；男性不能接触女人使用的织布机和生麻，在狩猎、捕鱼及农忙期间，禁止与女性同房；成人在会所受训期间，禁止与女性接触；在捕鱼、出猎或祭祀期间，家里不能断火；祭祀期间不能吃鱼等。其中，祭祀中打喷嚏尤为忌讳，南部高山族认为喷嚏意味着灵魂出壳，有招诱恶灵的危险，是祸事临头的征兆。
此外，生育方面的禁忌也很突出。主要有：禁忌生双胞胎，迷信双胎是野兽所在，预示着灾祸将至，必杀其一以为禳灾。布农人禁忌私生子，通常把私生子抛弃荒郊野外。阿美人生产禁忌男人与寡妇窥视，婴儿禁忌父亲怀抱，据说由于婴儿躯体软弱，会通过接触使其父传染软弱的病症，以致狩猎、出征时奔跑乏力，一无所获。这条奇特的禁忌具母系特权社会确保孩子抚养权操在母方手里的“措施”。
