病死。
万历十一年病死,时年81岁,死后赠太师封号,谥号文贞。
和高拱斗争,后来失意回乡,一次高拱路过其家乡,本想捐弃前嫌,可是徐玠认为高拱在羞辱他,于是忧愤成疾,在高拱登门之前病死了。他曾和高拱张居正代表朝廷清流同严嵩严世蕃父子做了长期的斗争。