采取以下两种方法：
若不知道所要纯化的微生物的特征，不知道它的菌落特征和形态大小，那需要根据所要分离微生物的特性，找适合的初筛培养基，找到要纯化的微生物。如纤维素菌，在培养基中加纤维素粉或CMCNa作碳源，这样就可以纯化出分解纤维素的菌。然后再用下面的方法继续纯化。若知道目标菌的形态，可以直接挑混合菌划平板，直到长出当个菌落，并且在镜下没有杂菌即可；或者挑选菌落稀释涂布进行纯化。
