三大石窟有拜城县的克孜尔石窟群、库车县的库木吐拉石窟群和鄯善县的吐峪沟石窟群。
1、克孜尔石窟群不仅是新疆、而且是全国最早最大的石窟群之一。现存石窟236个，其中三分之一保存尚称完好。石窟的建筑样式有供奉佛像和供人拜佛的支提窟和供僧侣们起居修行的毗诃罗窟。
2、库木吐拉石窟群横列在绵延5公里的山崖上，现存112窟，仅次于克孜尔的规模。这里的石窟艺术与中原的风格最为接近，其中的十几个窟还是由汉人开凿，许多洞窟内保存有汉文的题名与题记。
3、鄯善吐峪沟石窟沿河沟两岸崖
