京杭大运河与黄河是平交。分为南运河和北运河。江南运河的船只在镇江入长江，过江后在瓜州入江北运河。
黄河的河床与水位都高于两侧的运河，船只必须经过一级级的船闸提升才能进入，在对岸出黄河后再经船闸逐级下降。
以前从北京到杭州，最佳交通工具是乘船。在通州上船，沿北运河南下到天津。在阿城、梁山之间穿过黄河，过宿迁、两淮、高邮、扬州，在瓜州入长江，这段为苏北运河。其中淮安以北称为中运河，淮安以南为里运河。长江以南，从镇江到杭州为江南运河，沿途经过常州、无锡、苏州、嘉兴。
目前只有苏北运河和江南运河依旧繁忙。
京杭大运河沟通东西向的五大河流：海河、黄河、淮河、长江、钱塘江，与这些河流发生了五次十字大交叉。在自然界，见不到十字交叉的河流，因为河往低处流。一条河不能穿过另一条河流淌，靠的是船闸，船闸调节高高低低的水系。
