小巴鱼本身无毒。
小巴鱼的毒性是食物的毒素在体内积蓄，积蓄的毒素主要存在于性腺、肝脏、脾脏、眼睛、皮肤、血液等部位，卵巢和肝脏有剧毒，因此不论是野生的还是养殖的，必须将这些部位清理干净。
有的人吃河豚不去皮，这是不可取的，人工饲养的尽量减轻了食物中的毒素，但还是有微量存在，最好不要自己处理，应该请有经验的专业厨师处理。
