公元208年，曹操把持了朝政，当上了丞相，曹操生性残暴，要求华佗留在他的府上，其他的工作一律不许做，只能专心的做他的侍医。华佗看清了曹操的残暴，不愿意为他做事，于是找了个借口向曹操请假回家乡，回去之后就再也没有回曹府。
曹操多次写信给华佗催促他回去，甚至让地方县令去找华佗，让他回到曹操身边，但华佗以妻子身体不好的理由拒绝了。于是恼羞成怒的曹操派人去华佗的故乡把他抓了回来。
华佗被抓后受到了严刑拷打，曹操坚持要让华佗为他做事，但华佗坚贞不移，始终不肯屈服。最终曹操下令处死华佗，很多人都为华佗求情，认为他的医术高出，处死很可惜，但曹操不予理会，华佗就这样被曹操处死了。
而历史上广为流传的说法是，华佗在治好了曹操的头疼后，曹操担心以后还会复发，就强行把华佗留在身边，华佗宁死不从就被处死了。但是《三国演义》中关于华佗死因的解释，是华佗认为要医治曹操的头疼病，要把脑袋切开去除头中的风涎，这样才能治好。但是曹操却认为华佗是想取他性命，所以就把华佗关到了监狱，后来又杀死了他。
华佗到底是怎么死的，至今还没有明确的答案，还有人说华佗是在给曹操治疗头疼，试毒的时候被毒死了。
《三国志》中记载的则是华佗在给曹操治病的时候，过了约定的期限没有回去，导致曹操勃然大怒，下令处死了华佗。由此可见，不管华佗具体是怎么死的，都跟曹操有着很大的关系。
