巴人的历史充满神奇色彩。关于巴人的祖先就有"太暤氏"(《山海经·海内经》)、"黄帝"(《华阳国志·巴志》)以及"禀君"(《后汉书·南蛮西南夷列传》引《世本》)诸说。一般认为"禀君"说可信。"禀君"所处时代，大致是原始社会末期向阶级社会过渡时期。
从文献记载和甲骨卜辞看，巴人很早就活跃在历史舞台上。《华阳国志·巴志》载禹"会诸侯于会稽，执玉帛者万国，巴蜀往焉"。又《竹书纪年》载："(夏启)八年，帝使孟涂如巴莅讼"。《山海经·海内南经》云："夏后启之臣曰孟涂，是司神于巴"。商代卜辞中也多次出现"巴方"。关于周伐武王的史实中，巴也参与了伐纣。据《华阳国志·巴志》，"周武王伐纣，实得巴、蜀之师，著乎《尚书》：巴师勇钪、歌舞以凌，殷人前徒倒戈·故世称之曰：武王伐纣，前歌后舞也，武王既克殷，以其宗姬封于巴。"春秋以后巴国在文献中频繁出现，并与中原诸国及楚国发生着关系。《左传·昭公九年》(公元前533年)载周王室大夫詹桓伯说："武王克商......巴、濮、楚、邓、吾南土也"说明巴此时还是一个强国，在周人眼里，能与楚、邓等国平起平坐。《左传·桓公九年》(公元前703年)："巴子使韩服告于楚，请与邓为好。楚子使道朔将巴客以聘于邓。 邓南鄙鄾人攻而夺之币，杀道朔及巴行人。......"。《左传·文公十六年》(公元前611年)："秦人、巴人从楚师，群蛮从楚子盟。遂灭庸。"(庸，今湖北竹山)春秋时期，巴人的活动区域在鄂西一带，常与楚或联盟，或战争。随楚国的强盛，巴人也逐渐西移至川东一带，过着一种风餐露宿、游移不定的生活。战国中期为秦所灭。巴人也四散分裂，迁徙他乡。在以后的史书中，也屡有巴人忽隐忽现的遗绪。在现在的鄂西、湘西、川东、贵州都有巴人的后裔存在。
由于巴国从它诞生的那一天起，就没有一个固定的疆界，没有一个稳定的中心，史书上对其政治、经济、文化状况的记载是语焉不祥，更多的是推测，是传说。因此巴国历史披上了各种各样的神话色彩。要揭开其朦胧的面纱、探究其奥秘，只有去找寻巴人的足迹--文化遗存，才能得其根底。
从文献记载看，巴人事迹集中发生在鄂西以及峡江一带，顺藤摸瓜，在鄂西清江下游两岸峡江内外，也确实发现了一类文化内涵独特的遗存。这一类遗存从新石器末期一直延续到战国末期，并沿长江向东延伸到了江汉平原的西部，向西到达川东。与巴人的活动路线基本相符，应该为巴人文化遗存。 根据文化遗存的特点，结合史实，我们把巴文化分为早期巴文化、中期巴文化和晚期巴文化三个阶段。早期巴文化的时代从新石器末期到晚商，中期巴文化的时代为西周春秋时期，晚期巴文化指战国时期至秦灭巴后的一段时期。
