生态系统的物质循环发生在生物群落与无机环境之间。生态系统的物质循环是指在生态系统中，组成生物体的C、H、O、N、P、S等化学元素，不断进行着从无机环境到生物群落，又从生物群落回到无机环境的循环过程。
生物群落同其生存环境之间以及生物群落内不同种群生物之间不断进行着物质交换和能量流动，并处于互相作用和互相影响的动态平衡之中，这样构成的动态平衡系统就是生态系统，它是生态学研究的基本单位，也是环境生物学研究的核心问题。
