毛人凤有两个儿子是毛渝南和毛佛南。
儿子毛渝南对父亲情治工作并不十分了解，曾获美国康奈尔大学材料冶金硕士、及麻省理工学院MBA。曾担任美国ITT公司及阿尔卡特-朗讯台湾区负责人。1997年9月起转赴大陆工作，担任北电网络中国公司总裁兼首席执行长官长驻北京。2006年8月9日任3COM大中国区企业发展业务执行副总裁，负责3COM在中国的合资公司华为3COM的业务。
另一子毛佛南曾任大华期货股份有限公司董事长，2009年因病逝世。毛人凤的族侄是毛森陆军上将，跟随毛人凤，所以也是军统特务出身，然而毛森因为得罪蒋经国而亡命海外。毛森将军的儿子，是中央研究院历史语言研究所前研究员毛汉光，另一子为中央研究院院士毛河光。
