关于南阳天妃庙来历，据庙内现存石碑碑文记述，无论是康熙初修、嘉庆重修、光绪复修，均是政府发起，众人，包括闽商响应修造完成。光绪时较大规模的复修，更是在福州籍南阳地方官主持下完成的。
值得注意的是，康熙时南阳初修天妃庙，是康熙统一台湾，并对天妃进行赐封之时。可以想见，南阳地方官在此时修造天妃庙，是符合当时“政治导向”的，加之地方商贸发展有需求，两者作用之下，才建此庙。
南阳还流传着“黄廷说”，认为是郑成功属下黄廷修造了南阳天妃庙，这是怎么回事呢？
据康乾年间《邓州志》和民国《邓县志》记载，郑成功逝世后，他留在福建铜山的部下黄廷降清，于康熙七年(1668年)率十万大军北上，康熙命其南下疏散屯垦。黄廷率兵南下，来到河南南阳府后，分居方城、唐河、新野、邓州、镇平、南阳、内乡七县，黄廷被封为“慕义伯”，带亲兵屯垦于邓州城西湍河南岸，分驻五里四十八村，当地人称其为“闽营人”。
闽营人在邓州城区设闽营衙门，建东、西花园街和妈祖庙。妈祖庙左侧还建了福建会馆，会馆对面设“家祠”，是散布在南阳的闽营人的总祠堂。建筑均为闽南风格，今均不存。据《方城民俗志》记载，方城营坊村等地也曾有妈祖庙，今不存。
“南阳天妃庙建造成因是没有争议的——政府发起，众人捐建，和黄廷无关。至于黄廷在邓州等地建妈祖庙，这是南阳盆地传入妈祖庙的另一来源。”南阳师院教授聂振弢道。北师大教授、民俗学家萧放也持此看法。
闽营人在南阳建妈祖庙总数应该不少，今均不存。可能因规模较小，且外地神落户南阳，信徒是特定少数人群，总会有些“水土不服”，因而消失得很快。这更反衬出南阳白河边天妃庙幸存于世，算得上奇迹。
