1、生产不同：黑苍蝇是卵胎生，卵在肚子里先发育成幼虫才生产，而绿头苍蝇是完全卵生。
2、食性不同：绿蝇对腐肉更加敏感，常聚集在高度腐败的蛋白质周围，比如腐肉、动物尸体，对糖类不太感兴趣。黑苍蝇正好相反，黑苍蝇对糖类比较感兴趣，还对动物的粪便感兴趣。
3、活动场所不同：绿头苍蝇的活动场所主要是室外，黑色苍蝇的活动场所广泛。
苍蝇的食性：
苍蝇的食性取决于其种类。有专门吸吮花蜜和植物汁液的，有专门嗜食人、畜血液或动物创口血液和眼、鼻分泌物的。而人们常见的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、丽蝇、麻蝇则属于杂食性蝇类；
即广泛摄食人的食品、畜禽分泌物与排泄物、厨房下脚料及垃圾中有机物等。它们对于糖、醋、氨味、腥味具有极强的趋向性。据研究，雌蝇若单纯供给水、糖及碳水化合物；
虽能生长，但卵巢不能发育、产卵；惟有加喂蛋白质食料或多种氨基酸，才能正常产卵。若采用蜂王浆喂饲雌性家蝇，能缩短产卵前期，提高产卵量。
