干巴菌可以冷冻保存。新鲜干巴菌买回来后，只要是比较干燥的都可以长时间保存，把泥土和杂草去除干净，保持干燥分量放入保鲜袋中，放入冰箱冷冻层保存。食用前取出自然解冻，用清水淘洗干净即可。
需注意的是，保鲜液的液面要稍高于干巴菌堆面，然后将容器口封闭以隔绝空气和保持卫生，经过一个月得浸泡后，即可取出包装作为干巴菌加工品。干巴菌加工品的保鲜期可在10个月以上。
