申请退税正常退税没有任何影响。办理退税或者抵税是正常行为，对企业以后申报没有影响，个人所得税APP开通综合所得年度汇算功能，纳税人完道全可以自行申报，申请退税也没啥风险，现在工资试行的是累计税制，公司财务会根据历史工资奖金等收入数据预先报税的，如果实际收入小于预先申报的收入，这表示预先交的税多交了，就可以申请办理退税，对个人来说没什么影响。
办理退税，必须贯彻国家经济和税收政策。税务机关相应设置必要的职能管理机构，建立严格的退税审批制度，把住政策关口。纳税人申请退税，须按照国家有关退税管理制度的规定，向所在地税务机关呈送申请退税报告后，由税务机关办理退税登记。
