根据国家规定，窝瓜其实就是南瓜，它们是同一个物种在不同的地域环境、不同的气候条件下生产出的不同的产物。但是在我国有些地方，窝瓜是另一种品种的南瓜的称呼。
两者若有区别，那么主要表现在：窝瓜一般比较脆，老化后则不能吃了，南瓜老化后还可以食用，而且味道会更好。外观上南瓜比窝瓜更矮小一些，且窝瓜的水分比南瓜的水分更多。
