根据个人喜好，可以去籽也可以不去籽。
苦瓜籽，即苦瓜的种子，一年生攀援草本，种子椭圆形，扁平，两端均具角状齿，两面均有凹凸不平的条纹，包于红色肉质的假种皮内。苦瓜籽含有丰富的纤维、碳水化合物以及脂肪油。还含有苦瓜素、蛋白质。
苦瓜籽是可以吃的。待到苦瓜完全熟透，不再是青色的时候，苦瓜内部的瓤会完全变成红色，这时候里面的苦瓜籽是可以吃的，如果苦瓜没有完全熟透，那么这时候的苦瓜籽会有一些苦。完全熟透的苦瓜籽不仅不苦，反而很甜。不过最好不要多吃，苦瓜籽有一定的药性。
