1、三板做市和三板成指的区别在于成分股构成不同，三板成指的成分股包含协议、做市等各类转让方式的股票，三板成指则选择新三板中做市转让公司作为成份股。总之，成指既包含协议转让股票，也包含了做市转让股票，而做市指数则只包含做市转让股票。
2、协议转让是指出让方和受让方（以下统称转让双方）依据依法订立的生效协议，申请转让股份；做市转让是指让做市商连续提供证券交易的买价和卖价，同时由投资者进行价格申报，如果投资者的申报满足成交条件，则新三板做市商在其报价数量范围内，有按其报价履行与其成交的义务。
3、三板做市和三板成指两者都是全国股转系统和中证指数公司联合发布的首批指数，它们的推出，丰富了市场指数体系，有利于投资者全面把握市场运行状况。
