亲子鉴定后法院会不会判断绝父子关系，要依据鉴定的结果而定，如果是亲生子女的，法院是不能判决断绝关系的，如果不是亲生子女的，可以解除双方的关系。
【法律依据】
《中华人民共和国婚姻法》第二十一条，父母对子女有抚养教育的义务；子女对父母有赡养扶助的义务。
父母不履行抚养义务时，未成年的或不能独立生活的子女，有要求父母付给抚养费的权利。
子女不履行赡养义务时，无劳动能力的或生活困难的父母，有要求子女付给赡养费的权利。
禁止溺婴、弃婴和其他残害婴儿的行为。
