复旦大学医学院下设基础医学院、药学院、公共卫生学院以及护理学院等四个二级学院，其中只有护理学院有专科。
复旦大学上海医学院始建于1927年，原为国立中央大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院。1932年，国立中央大学医学院独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，抗战爆发后，学院内迁至云南昆明；1940年辗转迁至四川重庆。抗战胜利，学院迁回上海，于1952年更名为上海第一医学院。1985年，上海第一医学院定名为上海医科大学。
