猪干咳嗽是由急性变为慢性或在保育舍形成地方性流行，病猪生长缓慢，消瘦，死亡率、僵猪比例升高。哺乳仔猪以呼吸困难和神经症状为主，死亡率较高，如饲养管理条件较差，猪群密度过大或出现混合感染，发病率和临床表现更为严重。所有病猪均出现不同程度的肺炎。6~10周龄的保育猪剖检可见弥漫性间质性肺炎以及淋巴结的广泛肿大，肺出血、硬变和花斑样病变，个别肺有化脓灶，病猪肺部有不同程度的混合感染。
