金沙江下游属江河鱼类和高原鱼类分布的过渡带，同时也是金沙江中游、长江上游鱼类 、雅砻江和赤水河等支流不同区系鱼类交错分布区，鱼类种类丰富，共记载鱼类160种，其中特有鱼类56种，如圆口铜鱼、嵩明白鱼、短臀白鱼等，保护区分布鱼类186种，特有鱼类66种，主要保护对象包括白鲟、达氏鲟、胭脂鱼、大鲵等。
