一般情况下，所有酶都能重复使用，因为酶是化学反应的催化剂，不参与反应，不会被消耗。限制酶是酶的一种，不会参与化学反应，不会被消耗，可重复使用。
每种限制酶可特异识别专一DNA序列，并在切割位点将其准确切割。细菌将自身的DNA甲基化修饰，防止了被自身核酸内切酶降解。这些甲基化基团被装到DNA大沟的腺嘌呤或胞嘧啶上，使限制酶不能与DNA序列结合，但又不影响这些DNA序列上遗传信息的正常识别与表达。
