1.高等教育的生存与竞争问题：
中国高等教育发端的严重滞后发轫后的不连续性发展历程，以及一个多世纪高等教育投入的严重不足，是我国高等教育在总体实力上远低于欧美等国高等教育的总体实力。使得我国在WTO的框架和游戏规则内在与欧美高等教育的生存竞争中处于历史性的弱势地位。可以说这是在我国高等教育存在的整个历史阶段中挑战最为严重的时期，同时也是我国高等教育面临的首要问题；
2.高等教育的公平与效率问题：
当前中国高等教育无论是从起点、过程之中还是从结果上都是不公平的。如果处理不好就可能给高等教育的健康发展带来不可预见的损失。而高等教育资源利用效率的低下，也无疑加剧了有限的高等教育的资源紧张和匮乏程度，另一方面在公平第一还是效率第一的争论上，还没一个很好的定论也是高等教育发展不稳的一个诱因；
3.高等教育大众化与质量监控问题：
高等教育质量问题总是伴随着高等教育发展的大众化而不断被人们关注，质量是高等教育发展过程中一个永恒的主题。当前中国高等教育正逐渐由精英化教育向大众化教育方向发展。同时高等教育的扩招所言生的高等教育的量的扩张与质的稳定和提高的问题凸显出来。如果不能把教育的量的扩张与质的稳定和提高有机结合，必然成为制约高等教育发展的重要问题。
