物质循环的作用是带动了自然界中的物质发生改变，在很大的程度上就减轻了环境污染。如：
1、碳循环：由二氧化碳倍植物吸收变成有机性碳，在经过食物链转移到动物中，植物和动物的呼吸作用产生二氧化碳，动物和植物的排泄物和残体又回到了自然界中，由于腐化作用，残体分解变成很多的有机物于自然界，经过了微生物的降解，有产生了二氧化碳。这是碳循环，腐化作用和微生物的作用都在环境保护中起着重要作用等。
2、氮循环：是有固氮菌等微生物将大气的氮气固定，生产有机氮，在植物中的称为植物性氮，经过食物链变成动物性氮，残体和排泄物等将氮素放回大自然，经过了氨化作用，及硝化细菌和反硝化细菌等微生物又将这些氮素转化为了氮气，这就是一个循环氨化作用，硝化作用和反硝化作用都在环境保护中起着重要作用。
3、磷循环：就是自然界中的磷被雨水或则淋溶作用而变成磷离子溶液被植物吸收，再经过食物链，动物吃到残体和分泌物回到大自然，经过了聚磷菌对于磷的吸收作用可以将环境中的磷除去。磷循环中，聚磷菌在环境保护中有重要作用。
