有昆阳镇、晋城镇、海口镇等42个镇。
昆阳镇，坐落在美丽的滇池南岸，属县城所在乡镇，是全县政治、经济、文化中心，东接上蒜乡和滇池，南邻宝峰镇，西与二街乡接壤，北为西山区的海口镇。昆洛公路、安晋公路、昆玉公路、昆玉铁路越境而过。晋城镇，位于晋宁县东部，处在昆明、玉溪两大城市中点，东与澄江、江川接壤，南与六街镇为邻，西接上蒜，北与呈贡马金铺交界。曾为“古滇国”都邑，是古滇文化的发祥地，历史悠久，文物古迹众多。始建于唐代的盘龙寺，集儒、道、释三教为一体，名声远扬东南亚。海口镇，位于西山区南端，螳螂川畔，因是滇池西南的出水口而得名，东临滇池、南接晋宁、西连安宁、北与本区的碧鸡镇毗邻。镇内居住着汉、回、彝三个世居民族。回族聚居在里仁村委会，是西山区回族人口最集中的地区，彝族分布在双哨村委会和白鱼村委会的禄海新村。
