神奇宝贝一共有五部,这五部都是小智一行人的故事。
成都联盟的故事结束后,小霞因为要和姐姐在一起创建了训练道馆,而小刚也开始进行修炼,三人不得不单独行动,随后小智遇到了新的朋友。
随后小智遇到了小瑶和小茂等人,故事也是经历了很多,华丽大赛也成了一大特色。
到了超级篇章后,小智和皮卡丘来到了合众的地方,这里有很多更稀有的神奇宝贝,正当这时,小智很幸福,马上选择踏入这里收集新的神奇宝贝,因为之前的已经不在自己身上了。
最后到了XY篇章,小智为了成为神奇宝贝大师,和皮卡丘来到了一个名叫卡洛斯的地方,随后怀揣着梦想和爱丽斯该别,在这里小智认识了希特隆等更多的小伙伴。