芒果还没熟就起黑斑是因为芒果的果皮中含有多酚氧化酶类，当芒果在运输过程中受到挤压，或者在储存时经过了冷冻，其内部细胞会破损，细胞内的酚类物质被氧化为褐色的醌类物质释放出来，在外皮上就会出现黑色的斑点，这种情况被称作芒果褐变。
另外，芒果细菌性黑斑病也是一种常见病，同样会使芒果出现黑斑。这种黑斑可能出现在芒果的枝条、树叶、果柄及果实上，果实上的病斑初期呈水渍状，而后转黑色，隆起，呈星状开裂。如果这一病害发生在芒果采摘前，只影响芒果的卖相，而果肉则通常不受影响。
