1、溶剂提取法：水溶性生物碱溶于水，要将其从水中提取出来就要采用于水不能混溶的亲水性有机溶剂，如正丁醇、戊醇、含百分之甲醇或乙醇的氯仿等，自中草药的水提取液中多次萃取，回收有机溶剂，得到混合的水溶性总碱。
2、沉淀法：此法是利用水溶性生物碱遇生物碱沉淀试剂可以从中草药的酸水提取液中沉淀析出，滤出沉淀，再用适当的时机进行分解，最后分出生物碱。 最常采用的是雷氏铵盐沉淀法。
3、盐析法：水溶性生物碱的水提取液在用溶剂提取时也可配合盐析法提高提取效率，即在水提取液中加入无机盐，如氯化钠、硫酸铵等，一般盐的浓度在百分之七以上直至饱和。无机盐的加入可使生物碱在水中的溶解度降低，从而易于被有机溶剂提出，一次可以减少有机溶剂的萃取次数。
