公司不能以此扣押工资，应结清所有拖欠工资以及加班工资。如果公司没有缴纳社保，还要补交从入职到辞职的社保。若公司以辞职扣押拖欠工资，可以到当地劳动监察部门部门投诉或申请劳动仲裁。
另外根据劳动法规：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。可以向公司索要从入职满一个月的次日到和单位解除劳动关系的当天的双倍工资赔偿。未签合同双倍工资最多支持11个月。
根据《劳动合同条例》第四十条：应当订立劳动合同而未订立的，劳动者可以随时终止劳动关系。同时作为对于劳动者的保护，应当订立劳动合同而未订立的，用人单位提出终止劳动关系，应当提前三十日通知劳动者。
所以对于单位来说，故意不与员工签订劳动合同只会带来更不利的结果。
