生态系统的功能和运行与它的结构有密切的关系，结构是否合理、优化，决定了功能的优劣。只有各组分结构协调、合理，才能发挥稳定、持续和高效的功能。生态系统的结构包括生物组分的物种结构、空间水平、垂直和多层次结构、时间结构和营养食物链结构。系统的整体功能并不一定等于系统中各部分要素简单相加之和。
而一个结构合理的系统，其整体功能必定大于各部分独立存在时的功能之和。相反，一个结构不合理的系统，其整体功能则很可能小于各部分独立存在时的功能之和。生态系统也不例外。例如，作物生产是一个种群过程，群体产量的形成绝非各个体单独种植时产量的简单相加。
对于农作物种植系统而言，在氮、憐、钾均缺乏的情况下，不论单独使用其中的任何一种肥料,都能够获得作物产量的提高;但是如果采取氮、磷、钾科学配比，综合优化施肥方案，就会取得比三种肥料分别单独使用时产生的增产量之和更高的增产量。反之，如果各种肥分搭 配不当，安排不合理，完全有可能出现整体效果小于部分之和的情况。
农业生态系统本身是一个人工的生态系统，它具有特定的结构和功能特征。只有具有一个能保证物质循环和能量流转过程畅通的良好结 构，才能产出更多的产品，更好地发挥各种有益的效能。常规现代化农业 生态系统的最大缺陷之一就是它的不稳定性，因为这种农业模式盲目地追求高投人、髙产出；大量施用化肥，导致农田土壤结构破坏和地力衰退; 不加选择地滥用杀虫剂、除草剂，导致有害昆虫天敌数量的下降，使得虫 害的发生更加频繁，损失也更加严重。
生态农业正是针对这些问题而出现的一种新的替代农业经营方式，它主张合理利用生态系统内部的各种 关系维持农业生态系统的结构和功能的稳定，并强调通过调整和优化结 构，改善生态系统的功能，以追求长期的、稳定的和可持续的农业发展。氮素循环。
