视情况而定，员工试用期自动离职，如果给用人单位造成损失，可以追究赔偿责任的，这种情况可以扣工资，如果与用人单位协商一致解除劳动合同，且未对用人单位造成损失的情况则不扣工资。
根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
